La Conferenza unificata è stata istituita dal Dlgs 28 agosto 1997, n. 281, che ne ha definito anche la composizione, i compiti e le modalità organizzative e operative (articoli 8 e 9).
La Conferenza unificata opera al fine di:

• favorire la cooperazione tra l'attività dello Stato e il sistema delle autonomie;
• esaminare le materie e i compiti di comune interesse.

E' competente in tutti casi in cui Regioni, Province, Comuni e comunità montane, ovvero la Conferenza Stato-Regioni e la Conferenza Stato-Città e autonomie locali siano chiamate a esprimersi su un medesimo oggetto (articolo 9, comma 2, del Dlgs 281/1997). In particolare, la Conferenza unificata:

• consente alle Regioni, alle Province, ai Comuni e alle Comunità montane di partecipare alle scelte del Governo nelle materie di comune interesse;
• approfondisce le questioni politico-amministrative più rilevanti per il sistema delle Autonomie;
• esamina i provvedimenti iscritti all'ordine del giorno delle sedute, su richiesta del Governo o dei ministri competenti, quando è previsto dalla legge o quando lo si ritiene opportuno, a seguito di richiesta delle Regioni, dell'Anci, dell'Upi o dell'Uncem, del Governo o dei ministri.

La Conferenza unificata costituisce la sede per l'attuazione dell'intesa inter-istituzionale tra Stato-Regioni ed Enti locali per l'attuazione della riforma del Titolo V della Costituzione (Accordo 20 giugno 2002 - Rep. n.576).